Выравнивание по наибольшей общей подстроке

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <string>
#include <vector>
#include <iostream>
#include <fstream>
#include <math.h>

#define MAX 128
#define SIZE 5

int charGroup[128];
int** similarity;
char* letters;
int gap;
int insDel;

struct Index {
  int indexA;
  int indexB;
  int length;
};

bool Max(std::string a, std::string b){
  return a.length() > b.length();
}

void Swap(std::string& a, std::string& b){
  std::string buf = a;
  a = b;
  b = buf;
}

void SpaceErase(std::string &str) {
  for(int i = 0; i < str.length(); i++) {
    if(str[i] == ' ') {
      str.erase(i,1);
      i--;
    }
  }
}

void DefAlphabet(std::istream& in){
  std::string buf;
  
//Считываем штраф за геп, инсерцию-делецию  
   std::getline(in, buf, ';'); 
   gap = atoi(buf.c_str());
   std::getline(in, buf);
   std::getline(in, buf, ';');
   insDel = atoi(buf.c_str());
   std::getline(in, buf); //Проопускаем лишние строки
   std::getline(in, buf);
   std::getline(in, buf);
  
//Распределаяем буквы алфавита по "факторгруппам", 
//Далее по номеру группы будет происходить обращение к таблице
//для выяснения штрафа
  std::string alph;
  std::getline(in, alph);
  letters = new char[alph.length()/2];
  int lettersNumber = 0;
  for (int i = 0; i < alph.length(); i++) //
    if (alph[i] != ' '){
      letters[lettersNumber] = alph[i];
      charGroup[alph[i]] = lettersNumber;
      lettersNumber++;
    }

//Выделяем память для матрицы с очками 
//  в зависимости от длины алфавита     
  similarity = new int*[alph.length()];
  for (int i = 0; i < alph.length(); i++){
    similarity[i] = new int[alph.length()];
  }
  
  std::getline(in, buf);
  std::getline(in, buf);
  
//Считываем матрицу
  for(int i = 0; i < lettersNumber; i++){
    for(int j = 0; j < lettersNumber; j++){
      if (j != lettersNumber - 1)
        std::getline(in, buf, ' '); 
      else
        std::getline(in, buf); 
      similarity[i][j] = atoi(buf.c_str());
      std::cout << similarity[i][j] << " ";
    }
    std::cout << std::endl;
  }
}

void GetLines(std::istream& fs, std::string& a, std::string& b){
  std::string seq1 = "", seq2 = "";
  std::string name1, name2; 
  int seq_num = 0;
  
  for (std::string tek_line; std::getline(fs, tek_line); ) {
  if (tek_line[0] == '>') {
    (seq_num) ? name2 = tek_line : name1 = tek_line;
    seq_num++;
    continue;
  }
  SpaceErase(tek_line);
    (seq_num > 1) ? seq2 += tek_line : seq1 += tek_line;
  }
  
  a = seq1;
  b = seq2;
}

//Ищем наибольшую общую подстроку
Index GetLargestCommonSubstring(const std::string& a, 
                                const std::string& b) {
    const int a_size = a.size();
    const int b_size = b.size();
 
    typedef std::vector<int> solution;
 
    const int solution_size = b_size + 1;
    std::vector<int> x(solution_size, 0), y(solution_size);
 
    std::vector<int> * previous = &x;
    std::vector<int> * current = &y;
 
    int max_length = 0;
    int result_index = 0;
    int result_index_b = 0;
 
    for(int i = a_size - 1; i >= 0; i--) {
        for(int j = b_size - 1; j >= 0; j--) {
            int & current_match = (*current)[j];
            if(a[i] != b[j]) {
                current_match = 0;
            }
            else {
                const int length = 1 + (*previous)[j + 1];
                if (length > max_length) {
                    max_length = length;
                    result_index = i;
                    result_index_b = j;
                }
 
                current_match = length;
            }
        }
 
        swap(previous, current);
    }
 
    Index result;
    result.indexA = result_index;
    result.indexB = result_index_b;
    result.length = max_length;
    
    return result;
}

int GetScore(std::string a, std::string b){
  int result = 0;
  for (int i = 0; i < a.length(); i++){
    if (a[i] == '-' || b[i] == '-'){
      result += gap;
    } else {
      result += similarity[charGroup[a[i]]][charGroup[b[i]]];
    }
  }
  
  return result;  
}

//Выравниваем просто по наибольшей общей подстроке :(((
void Align(std::string a, std::string b){
  std::string newA, newB;
  Index result = GetLargestCommonSubstring(a, b);
  
  std::cout << result.indexA << " " << result.indexB << std::endl;
  
  if (result.indexA >= result.indexB){
    for (int i = 0; i < result.indexA - result.indexB; i++){
      newB.append("-");
    }
    newB.append(b);
    newA.append(a);
    
    for (int i = a.length(); i < a.length() + result.indexA - result.indexB; i++){
      newA.append("-");
    }
  } else {
    for (int i = 0; i < result.indexB - result.indexA; i++){
      std::cout << result.indexB - result.indexA << std::endl;
      newA.append("-");
    }
    newA.append(a);
    newB.append(b);
    
    std::cout << newB.length() << std::endl;
    
    for (int i = b.length(); i < b.length() + result.indexB - result.indexA + abs(b.length() - a.length()); i++){
      newB.append("-");
    }
  }

  std::cout << newA 
            << std::endl 
            << newB
            << std::endl
            << "New Score "
            << GetScore(newA, newB) 
            << std::endl;
}

int main(int argc, char** argv){
  
  if (argc < 3){
    std::cout << "type input files" << std::endl;
    return 0;
  }
  
  //Через аргументы коммандной строки передаются фходные файлы
  //Сначала файл с алфавитом, затем файл сo строками
  std::ifstream finAlph(argv[1]);
  std::ifstream fin(argv[2]);
  std::string a, b, buf;
  
  DefAlphabet(finAlph);
  
  GetLines(fin, a, b);
  /*std::getline(fin, buf);
  std::getline(fin, a);
  std::getline(fin, buf);
  std::getline(fin, buf);
  std::getline(fin, b);*/

  
  //Swap(a, b);
  Align(a, b);
  
  std::cout << "Old Score " << GetScore(a,b) << std::endl;
  
  return 0;
}