backup

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <string>
#include <vector>
#include <iostream>
#include <fstream>
#include <math.h>

#define MAX 128
#define SIZE 5

int charGroup[128];
char* letterByGroup; 
int** similarity;
char* letters;
int gap;
int insDel;
int gap_limit;

struct Index {
  int indexA;
  int indexB;
  int length;
};

bool Max(std::string a, std::string b){
  return a.length() > b.length();
}

int MaxScore(int a, int b, int c){
  int max = 0;
  
  if (b >= a){
    if(b >= c){
      max = b;
    } else if(c >= a){
        max = c;
      } else max = a;    
  }
  
  if (max < 0) 
    return 0;
  
}

void Swap(std::string& a, std::string& b){
  std::string buf = a;
  a = b;
  b = buf;
}

void SpaceErase(std::string &str) {
  for(int i = 0; i < str.length(); i++) {
    if(str[i] == ' ') {
      str.erase(i,1);
      i--;
    }
  }
}

void DefAlphabet(std::istream& in){
  std::string buf;
  
//Считываем штраф за геп, инсерцию-делецию  
   std::getline(in, buf, ';'); 
   gap = atoi(buf.c_str());
   std::getline(in, buf);
   std::getline(in, buf, ';');
   insDel = atoi(buf.c_str());
   std::getline(in, buf); //Проопускаем лишние строки
   std::getline(in, buf);
   std::getline(in, buf);
  
//Распределаяем буквы алфавита по "факторгруппам", 
//Далее по номеру группы будет происходить обращение к таблице
//для выяснения штрафа
  std::string alph;
  std::getline(in, alph);
  letters = new char[alph.length()/2];
  int lettersNumber = 0;
  for (int i = 0; i < alph.length(); i++) //
    if (alph[i] != ' '){
      letters[lettersNumber] = alph[i];
      charGroup[alph[i]] = lettersNumber;
      lettersNumber++;
    }

//Выделяем память для матрицы с очками 
//  в зависимости от длины алфавита     
  similarity = new int*[alph.length()];
  for (int i = 0; i < alph.length(); i++){
    similarity[i] = new int[alph.length()];
  }
  
  std::getline(in, buf);
  std::getline(in, buf);
  
//Считываем матрицу
  for(int i = 0; i < lettersNumber; i++){
    for(int j = 0; j < lettersNumber; j++){
      if (j != lettersNumber - 1)
        std::getline(in, buf, ' '); 
      else
        std::getline(in, buf); 
      similarity[i][j] = atoi(buf.c_str());
      //std::cout << similarity[i][j] << " ";
    }
    //std::cout << std::endl;
  }
}

void GetLines(std::istream& fs, std::string& a, std::string& b){
  std::string seq1 = "", seq2 = "";
  std::string name1, name2; 
  int seq_num = 0;
  
  for (std::string tek_line; std::getline(fs, tek_line); ) {
  if (tek_line[0] == '>') {
    (seq_num) ? name2 = tek_line : name1 = tek_line;
    seq_num++;
    continue;
  }
  SpaceErase(tek_line);
    (seq_num > 1) ? seq2 += tek_line : seq1 += tek_line;
  }
  
  a = seq1;
  b = seq2;
}

int GetScore(std::string a, std::string b){
  int result = 0;
  for (int i = 0; i < a.length(); i++){
    if (a[i] == '-' || b[i] == '-'){
      result += gap;
    } else {
      result += similarity[charGroup[a[i]]][charGroup[b[i]]];
    }
  }
  
  return result;  
}

void FindSubStr(std::string a, std::string b, int i, int j, int** f, 
                std::string& newA, std::string& newB){
  
  for (int i1 = a.length(); i1 != i; i1--){
    newA += '-';
  }
  
  for (int j1 = b.length(); j1 != j; j1--){
    newB += '-';
  }
 
  while (i > 0 && j > 0){ 
    if (f[i][j] == 0)
      break;
    int scor = f[i][j];
    int diag = f[i - 1][j - 1];
    int up = f[i][j - 1];
    int left = f[i - 1][j];
    
    if (scor == diag + similarity[charGroup[a[i]]][charGroup[b[j]]] ||
        gap_limit == 0){
      newA = a[i] + newA;
      newB = b[j] + newB;
      i--;
      j--; 
    } else if(scor == left + gap){
      newA = a[i] + newA;
      newB = '-' + newB;
      i--;
    } else if(scor == up + gap){
      newA = '-' + newA;
      newB = b[j] + newB;
      j--;
    }
  }
  
  while (i > 0){
    newA = a[i] + newA;
    newB = '-' + newB;
    i--;
  }
  
  while (j > 0){
    newA = '-' + newA;
    newB = b[j] + newB;
    j--;
  }
}


void Align(std::string a, std::string b){

    std::cout << a << std::endl;
    std::cout << b << std::endl;
  
  int** f = new int*[a.length()];
  for (int i = 0; i < a.length(); i++){
    f[i] = new int[b.length()];
  }
  
  std::cout << "херота" << a << " " << b << std::endl;
  
  std::cout << a << std::endl;
  std::cout << b << std::endl;
  
  for (int i = 0; i < a.length(); i++){
    f[i][0] = 0;
  }
  
  for (int i = 0; i < b.length(); i++){
    f[0][i] = 0;
  }
  
  int fMax = 0, iMax = 0, jMax = 0;
  
  //заполняем матрицу с путями
  for (int i = 1; i < a.length(); i++){
    for (int j = 1; j < b.length(); j++){      
      int match = f[i - 1][j - 1] + similarity[charGroup[a[i]]][charGroup[b[j]]];
      int deletion = f[i - 1][j] + gap;
      int insertion = f[i][j - 1] + gap;
      f[i][j] = MaxScore(match, deletion, insertion);
      std::cout << f[i][j] << " ";
      if (f[i][j] > fMax){
        fMax = f[i][j];
        iMax = i;
        jMax = j;
      }
    }   
    std::cout << std::endl;
  }
  
  std::string newA, newB;
  int i = a.length() - 1;
  int j = b.length() - 1;
  
  std::cout << i<< " "<< iMax << "\n" << j<< " "<< jMax << std::endl;
    
  FindSubStr(a, b, iMax, jMax, f, newA, newB);
  
  std::cout << newA 
            << std::endl 
            << newB
            << std::endl
            << "New Score "
            << GetScore(newA, newB) 
            << std::endl;
}

int main(int argc, char** argv){
  
  if (argc < 3){
    std::cout << "type input files" << std::endl;
    return 0;
  }
  
  //Через аргументы коммандной строки передаются фходные файлы
  //Сначала файл с алфавитом, затем файл сo строками
  std::ifstream finAlph(argv[1]);
  std::ifstream fin(argv[2]);
  std::string a, b, buf;
  
  DefAlphabet(finAlph);
  
  //GetLines(fin, a, b);
   std::getline(fin, buf);
    std::getline(fin, a);
    std::getline(fin, buf);
    std::getline(fin, buf);
    std::getline(fin, b);
    
    std::cout << a << std::endl;
    std::cout << b << std::endl;
    
  std::cout << "input gap limit: ";
  std::cin >> gap_limit;

  Align(a, b);
  
  std::cout << "Old Score " << GetScore(a,b) << std::endl;
  
  return 0;
}