Выравнивание. Входные данные

  1
  2
  3
  4
  5
  6
  7
  8
  9
 10
 11
 12
 13
 14
 15
 16
 17
 18
 19
 20
 21
 22
 23
 24
 25
 26
 27
 28
 29
 30
 31
 32
 33
 34
 35
 36
 37
 38
 39
 40
 41
 42
 43
 44
 45
 46
 47
 48
 49
 50
 51
 52
 53
 54
 55
 56
 57
 58
 59
 60
 61
 62
 63
 64
 65
 66
 67
 68
 69
 70
 71
 72
 73
 74
 75
 76
 77
 78
 79
 80
 81
 82
 83
 84
 85
 86
 87
 88
 89
 90
 91
 92
 93
 94
 95
 96
 97
 98
 99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <string>
#include <iostream>
#include <fstream>
#define MAX 128
#define SIZE 5
int charGroup[128];
int** similarity;
char* letters;
int gap;
int insDel;
bool Max(std::string a, std::string b){
return a.length() > b.length();
}
void Swap(std::string& a, std::string& b){
std::string buf = a;
a = b;
b = buf;
}
void DefAlphabet(std::istream& in){
std::string buf;
//Считываем штраф за геп, инсерцию-делецию
std::getline(in, buf, ';');
gap = atoi(buf.c_str());
std::getline(in, buf);
std::getline(in, buf, ';');
insDel = atoi(buf.c_str());
std::getline(in, buf); //Проопускаем лишние строки
std::getline(in, buf);
std::getline(in, buf);
//Распределаяем буквы алфавита по "факторгруппам",
//Далее по номеру группы будет происходить обращение к таблице
//для выяснения штрафа
std::string alph;
std::getline(in, alph);
letters = new char[alph.length()/2];
int lettersNumber = 0;
for (int i = 0; i < alph.length(); i++) //
if (alph[i] != ' '){
letters[lettersNumber] = alph[i];
charGroup[alph[i]] = lettersNumber;
lettersNumber++;
}
//Выделяем память для матрицы с очками
// в зависимости от длины алфавита
similarity = new int*[alph.length()];
for (int i = 0; i < alph.length(); i++){
similarity[i] = new int[alph.length()];
}
std::getline(in, buf);
std::getline(in, buf);
//Считываем матрицу
for(int i = 0; i < lettersNumber; i++){
for(int j = 0; j < lettersNumber; j++){
if (j != lettersNumber - 1)
std::getline(in, buf, ' ');
else
std::getline(in, buf);
similarity[i][j] = atoi(buf.c_str());
std::cout << similarity[i][j] << " ";
}
std::cout << std::endl;
}
}
void Align(std::string a, std::string b){
std::string newA, newB;
if (Max(b, a)) //если b длиннее чем a
Swap(a, b); //a снова длиннее
for (int i = 0; i < a.length(); i++){
}
std::cout << newA
<< std::endl
<< newB
<< std::endl;
}
int main(int argc, char** argv){
if (argc < 3){
std::cout << "type input files" << std::endl;
return 0;
}
//Через аргументы коммандной строки передаются фходные файлы
//Сначала файл с алфавитом, затем файл сo строками
std::ifstream finAlph(argv[1]);
std::ifstream fin(argv[2]);
std::string a, b, buf;
DefAlphabet(finAlph);
std::getline(fin, buf);
std::getline(fin, a);
std::getline(fin, buf);
std::getline(fin, buf);
std::getline(fin, b);
std::cout << a << std::endl << b << std::endl;
Swap(a, b);
std::cout << a << std::endl << b << std::endl;
std::cout << gap << " " << insDel << std::endl;
return 0;
}